Cho tới năm 2000, kiwi nâu (danh pháp Apteryx australis) gồm ba loài ngay nay mang tên A. rowi (rowi), A. australis (tokoeka) và A. mantelli. Tuy vậy, mã di truyền xác định rằng tokoeka là một loài riêng biệt, chúng được đặt tên mới Apteryx australis. Năm 1998, những thí nghiệm di truyền khác được thực hiện với rowi, giúp khắng định rằng rowi là một loài riêng (Apteryx rowi).

Kiwi nâu được mô tả lần đầu dưới tên Apteryx australis bởi Abraham Dee Bartlett vào năm 1813, dựa trên một mẫu vật từ Dusky Sound, Đảo Nam, New Zealand.[7]